Farmacia: Nuevo PubMed: ¿Cómo buscar?

 Clinical Queries: PubMed ha incluido esta nueva herramienta que incluye filtros para buscar referencias relacionadas con el tipo de estudio clínico y con la Covid-19

  Novedades en MeSH 2021 

  Vincula tu cuenta personal en MyNCBI para no perder los datos guardados (alertas, filtros, etc.)

 Specialized Search Queries: The United States National Library of Medicine (NLM) avisa que desde el 26 de abril de 2021, dejan de actualizarse las búsquedas especializadas en PubMed

• Consulta las últimas novedades de PubMed en su Blog (NCBI)
• NIH Preprint Pilot in PubMed Central (Preprints en PubMed Central)

 Clinical Queries: PubMed ha incluido esta nueva herramienta que incluye Filtros adecuados para:

1. buscar referencias que respondan a preguntas por tipo de estudio clínico (Therapy, Clinical Prediction Guides, Diagnosis, Etiology y Prognosis) indicando el alcance de la búsqueda (scope): broad (mayor alcance de referencias pero menos precisas o específicas); narrow (menor alcance de referencias pero más precisas o específicas). Consulta Tabla 1
2. buscar referencias que respondan a preguntas relacionadas con la Covid-19. Consulta Tabla 2

Más información sobre Clinical Queries: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#clinical-queries

  Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes según nuestra pregunta de investigación clínica. Por tanto, se aplican para refinar resultados.

Tabla 1. Filtros desarrollados para responder a preguntas por Tipo de Estudio: Therapy, Clinical Prediction Guides, Diagnosis, Etiology y Prognosis

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Tabla 2. Filtros desarrollados para responder a preguntas relacionadas con la Covid-19

COVID-19 Article Filters

The COVID-19 article filters limit retrieval to citations about the 2019 novel coronavirus; these filters may evolve over time.

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• Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes según nuestra pregunta de investigación clínica. Por tanto, se aplican para refinar resultados.

 Clinical Queries: PubMed ha incluido esta nueva herramienta que incluye filtros adecuados para:

1. buscar referencias que respondan a preguntas por tipo de estudio clínico (Therapy, Clinical Prediction Guides, Diagnosis, Etiology y Prognosis) indicando el alcance de la búsqueda (scope): broad (mayor alcance de referencias pero menos precisas o específicas); narrow (menor alcance de referencias pero más precisas o específicas). Consulta Tabla 1
2. buscar referencias que respondan a preguntas relacionadas con la Covid-19 . Consulta Tabla 2

Más información sobre Clinical Queries: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#clinical-queries

Clinical Queries: FILTROS

Tabla 1. Filtros desarrollados para responder a preguntas por Tipo de Estudio: Therapy, Clinical Prediction Guides, Diagnosis, Etiology y Prognosis	Tabla 2. Filtros desarrollados para responder a preguntas relacionadas con la Covid-19

• Para gestionar y editar tus Filtros personalizados, accede a: MY NCBI FILTERS 
• Filtros Subject: accede a los filtros personalizados de MyNCBI en la categoría Properties para localizar toda la tipología.
• Filtro Associated data: para localizar artículos que tienen datos asociados, como material suplementario. 
• Ten en cuenta en el Nuevo Pubmed, que: el gráfico permite Filtrar por años de publicación. Sin embargo, cuando descargamos los datos del gráfico observamos que el número de resultados de este archivo es diferente que el de la página de resultados de PubMed, debido a que si la publicación consta de dos fechas diferentes (publicación en Epub y posteriormente publicación impresa), en el archivo que descarga el gráfico se cuentan las dos fechas. Sin embargo, el número de resultados de la página de PubMed no duplica las fechas de publicación.

             Recuerda que PubMed indexa por más de una fecha: completion, create, entry, MeSH, modification y publication. Más información en Searching by Date

• ¿Dónde localizar más Filtros?: en páginas específicas; en revisiones sistemáticas sobre el tema que estés investigando (y editarla para adaptarla a tus necesidades); guardar tus propias búsquedas y convertirlas en filtros personalizados.
• Pubmed Clinical Queries

 Special Queries: The United States National Library of Medicine (NLM) avisa que desde el 26 de abril de 2021, dejan de actualizarse las búsquedas especializadas en PubMed

• PubMed Subject Filters
• Pubmed Topic Specific Queries

 What's New in MeSH

MeSH Browser: Medical Subject Headings 2021

•   Changes to MeSH Terminology for 2021 (En 2021 la actualización anual del tesauro incluye 277 nuevos encabezamientos MeSH). 

   Aquí podéis consultar en pdf el listado ordenado alfabéticamente con los nuevos encabezamientos MeSH para 2021

•   2021 MeSH Hierarchy

              Aquí podéis consultar en pdf los cambios en el árbol jerárquico MeSH para el 2021

•   2021 "COVID-19"[mesh] (MeSH 2021, a partir de enero de 2021)

  The 2021 "COVID-19"[mesh] tiene los mismos términos que en el 2020, además de algunos adicionales que puedes consultar aquí

•   Otros descriptores se han modificado, por ejemplo la combinación Viral Proteases/antagonists & inhibitors es reemplazado por Viral Protease Inhibitors

  MeSH: Medical Subject Headings. Es el tesauro que utiliza Medline. Un tesauro es una lista de palabras o términos controlados, empleados para representar conceptos. Se trata de un vocabulario controlado organizado jerárquicamente producido por la National Library of Medicine de EEUU. Se utiliza para indexar, catalogar y buscar información biomédica y relacionada con la salud. El vocabulario de MeSH es actualizado continuamente por especialistas de varias áreas. Cada año se añaden cientos de nuevos conceptos y se hacen miles de modificaciones. Muchos sinónimos, casi sinónimos y conceptos relacionados se incluyen como entry terms para ayudar a los usuarios a localizar el descriptor más relevante del concepto que están buscando. En PubMed muchos términos se mapean a los descriptores Mesh para facilitar la recuperación relevante de la información.

Enlaces de interés:

What's New in MeSH

Minitutoriales sobre MeSH (en inglés)

Acceso y Consulta (gratuitos): Acceder a MeSH

Uso:

• Buscar por MeSH en PubMed: Usar descriptores nos asegura localizar artículos que hablen del tema que estemos buscando. Cuando la búsqueda la hacemos por texto libre, PubMed nos buscará ese término (y aplicará el "mapeo automático del término") en diferentes campos (o en el campo especificado). Pero recuerda: que un término aparezca en un texto no implica que ese texto hable de ese tema.
• Tipos de descriptores

​  Descriptores: a su vez, hay 3 clases de descriptores:

• Clase 1 - Encabezamientos (Main Headings): temas por los que se indexan las citas en la base de datos MedLine, para catalogar publicaciones y otras bases de datos; y se pueden buscar en PubMed con la etiqueta [MH]. La mayoría de los descriptores indican el tema de un ítem indexado.
• Clase 2 - Tipos de publicación (Publication Types): indican qué tipo de ítem es y no su contenido. Por ejemplo Review o Editorial. Se pueden buscar en Pubmed con la etiqueta [PT]
• Clase 3 - Geographics: descriptores que incluyen continentes, regiones, países, estados y otras subdivisiones geográficas. Se utilizan para caracterizar una ubicación geográfica, no para indicar contenido.

​  Calificadores o subencabezamientos: se utilizan junto a los descriptores y agrupan aquellos documentos que tratan un aspecto en particular de un tema. Hay 78 diferentes. Por ejemplo, Liver/drug effects indica que el artículo o libro no trata sobre el hígado en general, sino de los efectos de medicamentos en el hígado. Se pueden buscar en Pubmed con la etiqueta [SH]

  Supplementary Records: se utilizan para indexar sustancis químicas, medicamentos y otros conceptos tales como enfermedades raras. Se pueden buscar en Pubmed por la etiqueta [NM]. Se actualizan diariamente y hay 4 clases diferentes:

• Clase 1 - Chemicals
• Clase 2 - Protocols: dedicados a protocolos de quimioterapia
• Clase 3 - Diseases
• Clase 4 - Organisms (desde 2018)

• Búsqueda de un descriptor: La búsqueda ha de hacerse siempre en inglés. Algunas herramientas útiles para encontrar o traducir descriptores:
  • MeSH Browser (buscar siempre un término cada vez; se ve el término aceptado, su explicación y el año de creación del descriptor Mesh)
  • Babel Mesh (busque en MEDLINE/PubMed usando frases o términos médicos en español)
  • MeSH on Demand: a partir de un texto, la herramienta identifica descriptores y además lista artículos similares de PubMed.
  • DeCS (Descriptores en Ciencias de la Salud)
  • En otros artículos relacionados, podemos consultar sus propios descriptores MeSH o palabras clave
• Características de un descriptor:
  • Encabezamiento y nota de alcance: se ve el término aceptado, su explicación y el año de creación del descriptor Mesh
  • Subencabezamientos: permiten agrupar por estos calificadores. Difieren en cada descriptor. Hay 78 diferentes.
    • Restrict to MeSH Major Topic: cuando queremos que este descriptor defina el tema principal del artículo.
    • Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy: ya que PubMed hace la búsqueda por este descriptor y por todos sus términos más específicos (narrower terms)

  • Entry terms: sinónimos, términos que podemos utilizar como texto libre y que siempre serán equiparados con el descriptor.

  • Ubicación del descriptor en la jerarquía MeSH: este apartado es importante para decidir si aplicamos o no la opción de Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy.

• Consulta la Ayuda, FAQs y Guía de uso de PubMed
• Clinical Queries (nueva herramienta de búsqueda que incluye filtros por tipo de estudio clínico y para Covid-19)
• Minitutoriales sobre MeSH (en inglés)
• Combina el lenguaje controlado de Medline (términos MESH) con el lenguaje natural (lenguaje hablado y sinónimos) en tus búsquedas (siempre en inglés)
• MESH ON DEMAND 
• DECS (Descriptores en Ciencias de la Salud) 
• Información sobre Subheading
• List of subheading explosions
• Enlace a todas las ETIQUETAS DE CAMPO abreviadas y su descripción en PubMed
• Clinical Trials

• Cambios en el algoritmo de búsqueda: se añaden sinónimos, plurales, inglés británico/americano. El truncamiento es ilimitado
• Orden de ejecución durante el Mapeo Automático de los Términos (ATM)
• El uso de comillas detiene el mapeo automático de los términos y realiza la búsqueda sobre un índice de "frases"
• Cómo obtener un enlace para compartir una estrategia de búsqueda
• Permite descargar en excel el historial de búsquedas

  ¿Qué es el Mapeo Automático de Términos (ATM)?

PubMed no se limita a buscar la palabra que hemos introducido, sino que va más allá. Lo que hace es traducir el término según unas tablas específicas y en este orden. Es lo que se llama Automatic Term Mapping (ATM) y consiste en pasar el término de búsqueda por tres tablas diferentes. Siempre seguirá el mismo orden y detendrá el ATM en cuanto encuentre el término en una de esas tablas.

Empieza la búsqueda por la Subject Translation Table. Si encuentra el término introducido dentro de esta tabla, detiene el ATM. En el caso de que no lo encuentre, continúa la búsqueda en la Journals Translation Table. Si no obtiene resultados, pasa a la siguiente: Authors Translation Table.

  Para detener el ATM desde el comienzo, debe de incluirse el término o términos de búsqueda entre comillas y realiza la búsqueda sobre un índice de "frases"

1. Subject Translation Table

Comprueba que tenga y entonces añade para hacer la búsqueda:

• Grafía británica y americana
• Singular y plural, sinónimos y otros términos relacionados cercanos
• Traducción al nombre genérico de un medicamento
• Mesh y Entry Terms
• Mesh subheadings, publication types, pharmacological action, supplementary concepts
• Términos derivados del UMLS (sistema unificado de lenguaje médico)

2. Journals Translation Table

• Título completo de la revista
• Abreviatura del título de la revista
• ISSN

3. Authors Translation Table

• Apellido<espacio>inicial del nombre

• Nombre y apellido desarrollado (sólo desde 2002)

• Hay dos formas de visualizar los resultados:
  • Summary: la visualización de los autores es la de siempre: apellido inicial del nombre, y hay un extracto del resumen, pero no es el resumen, donde se marcan en negrita las palabras que hemos usado en nuestra estrategia.
  • Abstract: los autores están desarrollados (desde 2002), se ve el resumen completo si lo tiene, si ha sido citado en otros papers, pero este dato lo proporciona el editor y no se tiene de todos los registros, por eso no permite ordenar por número de citas recibidas.​
• Permite visualizar, copiar y descargar directamente a un gestor bibliográfico la referencia bibliográfica de un documento
• Permite obtener una URL permanente de un documento y compartirla en redes sociales (mediante la opción "Share" de un registro en formato Summary y Abstract)
• Permite ir de un registro a otro (visualizando los resúmenes) sin necesidad de regresar al listado de resultados
• Visualización de los años de publicación de los resultados en un gráfico

 Hay tres formas de ordenar los resultados:

• Best match: nuevo algoritmo de búsqueda y ordenación. Best Match: New relevance search for PubMed
• Most recent: aplica el algoritmo de Best match y ordena por los artículos más recientes incluidos en Pubmed. Se puede alternar de más reciente a más antiguo.
• Publication date: aplica el algoritmo de Best match y ordena según fecha de publicación. Se puede alternar de más reciente a más antiguo.

 Herramientas para gestionar los resultados:

• Save: Permite guardar los resultados en formato summary, pubmed, pmid, abstract y csv
• Email: Formulario para enviar un mail con los resultados. Recuerda incluir información sobre quién envía el correo.
• Send to: 
  • Clipboard: máximo de 500 resultados durante 8h.
  • My Bibliography (dentro de MyNCBI)
  • Collections (dentro de MyNCBI)
  • Citation manager: formato ß que se puede importar en gestores de referencias como Mendeley.

 Visualización de un resultado en concreto:

• La navegación de la página, en el menú lateral derecho, permite saltar a las partes específicas del artículo. Si un artículo no cuenta con una de esas partes, no aparece.
• El apartado de Cited by muestra los artículos que han citado al artículo que estamos visualizando, pero este dato sólo lo tendremos si el editor lo ha compartido, por lo que no lo utilizaremos como indicador de visibilidad.
• Como novedad: es más fácil compartir este registro en redes sociales, y también tenemos la cita del registro en 4 estilos diferentes: AMA, MLA, APA, NLM y permite descargarla en formato .nbib para enviarla a un gestor bibliográfico como Mendeley.
• En el pie de la página nos permite ver y acceder tanto al artículo anterior como al siguiente para no tener que volver a la página general de resultados. 

• MY NCBI: Créate una cuenta gratuita
• Dashboard (My NCBI). Cajas movibles
  • Filters: para mostrar filtros por defecto y crear filtros personalizados
  • Saved searches: listado de búsquedas guardadas que muestra el número de los artículos nuevos incluidos en Pubmed desde la última vez que se hizo la búsqueda.
  • Collections: permite crear colecciones (públicas o privadas) con los resultados de una búsqueda.
• Publications (My Bibliography): para crear tu colección o espacio con las publicaciones de las que seas autor. Puedes importaras directamente desde PubMed o subirlas a través de un fichero. Y puedes compartir tu colección a través de una URL pública o bien configurarlo como colección privada.
• Account settings: permite cambiar el correo electrónico con el que creas tu cuenta en MY NCBI y/o la contraseña.
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